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In questa prima sezione sono raccolti i reperti archeologici provenienti dal territorio sammarinese.
La ricerca archeologica sistematica nella Repubblica di San Marino data a tempi recenti, ma ha già fruttato diversi reperti, oggi esposti nel Museo, e soprattutto una miglior conoscenza della storia antica del territorio che è stato frequentato fin dall'età della pietra e ha ospitato piccoli insediamenti villanoviani e romani. I recenti scavi hanno inoltre evidenziato come esistano strette analogie fra la storia antica e alcuni elementi della (leggenda del santo fondatore Marino) .
In località Poggio Castellano sono emersi nel 1997 i resti di una capanna subcircolare databile alla seconda metà dell'VIII secolo a.C. Sul
Dal Neolitico all'Età Romana
Il percorso espositivo inizia con materiali databili dal Neolitico Finale all'Età del Ferro, fra cui quelli rinvenuti nel sito di Poggio Castellano, che ha restituito le tracce di un piccolo insediamento villanoviano risalente all'VIII secolo a.C.
Seguono i materiali pertinenti al Santuario della Tanaccia: statuette di devoti in bronzo, ex voto anatomici, monete e ceramiche, databili fra il V secolo a.C. e il IV d.C.
L'Età Romana e il sito di Domagnano
Nelle vetrine sono esposti i materiali rinvenuti negli scavi archeologici più recenti, in particolare quelli pertinenti al sito di Domagnano, dove sono emersi i resti di una villa urbano-rustica di impianto repubblicano ristrutturata e ampliata in età imperiale, che fra aree edificate e aperte si estendeva su una superficie di oltre 5.000 mq., e quelli di un edificio di età gota che riutilizza in parte gli ambienti dell'insediamento romano.
Una vetrina è inoltre dedicata alle varie tipologie di materiale edilizio e ceramico di età romana, di produzione sammarinese.
Il 'tesoro di Domagnano' e il Medio Evo
Il pezzo più importante esposto in questa sala è la piccola borchia in oro lavorata "a cloison", unico reperto pertinente al cosiddetto "tesoro di Domagnano" rimasto nella Repubblica di San Marino.
Intorno al 1892-93, a circa 500 metri a est del paese di Domagnano, furono casualmente rinvenuti numerosi pezzi di oreficeria - orecchini, fibule, spilloni, borchie decorative, una collana e un anello - tutti realizzati con la stessa raffinatissima tecnica orafa: a cellette con incastonature di pietre colorate.
L'intero nucleo di gioielli, oggi noto come "tesoro di Domagnano", costituiva probabilmente il corredo funebre di una dama ostrogota di alto lignaggio, morta e sepolta in quel luogo intorno al 500.
presenta inoltre alcuni elementi architettonici di età medioevale, e parte dei reperti archeologici rinvenuti a Castellaro, nell'area dove sorgeva l' antico castello di Casole, distrutto da un incendio nel XIII secolo. Il sito frequentato fin dai tempi più remoti ha restituito reperti di varie epoche, fra cui due monete rarissime coniate a Milano da Berengario I Re d'Italia fra l'888 e il 915.
L'antica Pieve di San Marino
Nella sala sono raccolte le testimonianze dell'antica Pieve di San Marino, demolita nel 1825 per far posto all'attuale chiesa, più grande e diversamente orientata, consacrata nel 1855.
Nel corso del tempo la chiesa ha subito diversi restauri e rimaneggiamenti: il polittico, opera del forlivese Francesco Menzocchi (1502-1574) e i frammenti architettonici esposti risalgono probabilmente a quelli effettuati nel XVI secolo.
Composto da nove dipinti, il polittico è presentato nella cornice commissionata nel 1866 al pittore Luigi Cocchetti, che aveva eseguito anche il restauro pittorico delle tavole.
Accanto alla Pieve sorgeva la chiesetta di San Pietro, anch'essa rifatta nell'Ottocento, di pianta cruciforme, forse coeva alla Pieve e tipologicamente simile agli oratori o martyria, che nel V e VI secolo venivano costruiti nelle aree sepolcrali su tombe di personaggi eminenti per santità.