Possiede materiali storici e artistici (quasi 5000 pezzi) alcuni provenienti da San Marino e pertinenti alla sua storia, e altri di diversa origine, dovuti ad acquisti, oltre che ai donativi fatti allo Stato dal 1865 ad oggi.

Nel Museo di Stato di San Marino sono presenti:

• Reperti archeologici, dal Neolitico all'Alto Medioevo, alcuni dei quali famosi per la loro importanza, come i bronzetti votivi della "Tanaccia" e la borchia in oro del "tesoro di Domagnano", rinvenuti in territorio sammarinese.

• Resti architettonici dell'antica Pieve di San Marino, con il cinquecentesco polittico di Francesco Menzocchi.

• Dipinti ed oggetti provenienti dal seicentesco convento delle monache Clarisse.

• Opere d'arte della Repubblica, con dipinti e sculture del Guercino, Pompeo Batoni, Elisabetta Sirani, Stefano Galletti e altri.

• Monete e medaglie antiche sammarinesi (1865-1938).

• Reperti archeologici egizi, etruschi e romani, frutto di donazioni.

• Oggetti d'arte e dipinti di varia provenienza e di varie epoche, con capolavori di Michele Giambono, Baccio Bandinelli, Tiburzio Passerotti, Bernardo Strozzi.