L'origine del museo è dovuta a sollecitazioni esterne e cioè ai consigli ed alle premure di un grande e potente amico straniero, il piemontese Luigi Cibrario (1802-1870) fecondo autore di opere di economia politica, letterato e storico appassionato del Medio Evo, ma soprattutto stimato ministro di Vittorio Emanuele II e consultore plenipotenziario della Repubblica di San Marino per il primo trattato d'amicizia e di commercio col Regno d'Italia (1862). In questa veste il Cibrario ebbe modo di stringere affettuosi legami con il governo di San Marino e di incrementare con doni la Biblioteca governativa (aperta al pubblico nel 1858), poi di sollecitare il riordinamento dell'Archivio governativo e la formazione di un museo.
Ma quale museo, dato che in loco sembrava non esistere materiale che lo giustificasse? Alla formazione del museo di San Marino ha presieduto, più che un concreto progetto, un'astratta idea di prestigio e di utilità culturale. Chissà, forse si sperava di poter mettere insieme, col tempo, un grande museo "universale", uno di quei musei-enciclopedia che avevano costituito il sogno dell'Illuminismo, dove il mondo naturale, l'evoluzione dell'uomo, l'arte e l'artigianato potevano essere mostrati e dimostrati per campioni. Uno di quei musei che davano prestigio alle capitali, e che nello stesso tempo potevano fornire un supporto alla storia e alla didattica. Comunque, non potendosi contare su un bilancio neanche minimo e dovendo quindi confidare solo su doni di persone "bene-affette" alla Repubblica, non si formularono programmi di nessun genere e si cercò di accogliere, conservare ed esporre tutto: oggetti antichi e oggetti curiosi ed esotici, oggetti "belli", cose d'arte e cose naturali; indipendentemente dalla provenienza, dalla storia, dalla qualità; anche copie in gesso, materiale di dubbia autenticità e di fattura recente; tutto insomma, purché fosse donato.
Cosí Federico Gozi e Marino Fattori accolsero nei locali della biblioteca, in palazzo Valloni, i primi doni degli amici di Luigi Cibrario: il cavalier Alfredo Reichmann e il cavalier Gaetano Speluzzi, entrambi milanesi. Era la primavera del 1865.
Dalle casse inviate dallo Speluzzi uscirono alcuni dipinti quattrocenteschi su tavola che sono tuttora fra le cose migliori del museo, frammenti di miniature, due seggioloni intarsiati, armi ed armature. Da quelle del Reichmann qualche statuetta pseudorinascimentale ed un'incredibile accozzaglia di oggetti strani: tre paia di pantofole orientali, uno specchio ed una tazza persiani, un uovo di struzzo, due salviette cinesi, una pistola inglese, una punta di naso di pesce-spada, due bicchieri di Murano ("uno incrinato", avverte l'estensore dell'elenco), tazze peruviane, due "animali detti corazzieri", una pipa dalmata in madreperla, una sciarpa africana, due ceste giapponesi in paglia, e via dicendo. Quasi un centinaio di oggetti, raccolti distrattamente, si direbbe, in una vecchia soffitta per una pesca di beneficenza. Ma fra essi c'era anche qualche sorpresa: un bassorilievo in terracotta attribuito (con un certo ottimismo) a Michelangelo, due cinerari romani, e infine un "Cristo in marmo mutilato nell'occasione della battaglia al ponte di Lodi" di napoleonica memoria.
Possiamo immaginare l'imbarazzo dei responsabili della biblioteca di fronte a tutto quel materiale curioso, sí, ma eterogeneo e sostanzialmente inutile. L'esempio del Reichmann venne ben presto seguito da altri, e anche dall'illustrissima Reggenza, che pensò di disfarsi degli oggetti "inutili" depositandoli in biblioteca; dove finirono una raccolta di fossili, un microscopio, altre cose strane, ma anche i vecchi bossoli per le votazioni (1868), statuette di marmo provenienti dalla pieve (definite "di pessimo lavoro"), un violino del Settecento (1872), tutte cose ritenute di poca importanza. Sembra che il primo vero acquisto fatto per incrementare il museo sia dovuto a Federico Gozi nel 1872: si tratta di un bronzetto romano rinvenuto a Montecucco, pagato con un fondo speciale del Governo.
Per fortuna a questi seguirono altri doni, ancora dello Speluzzi, poi del cavalier Carlo De Bruch, del dott. Castelnuovo e dello stesso Cibrario: si trattava soprattutto di reperti archeologici, egiziani, greci, etruschi, romani . Arrivarono ben presto anche dipinti importanti come il bellissimo San
Giovanni Battista di Bernardo Strozzi , donato come Murillo da Carlo Curriè nel 1867, e una bella serie di icone donate dal De Bruch e da altri tra il 1865 e il 1870. Ai donatori italiani si aggiunsero ben presto molti francesi (Edmond Guiot de la Pommeraje, Charles Le Roi, Felix Subbit, Nicola Borgner, Louis Tarignot, André Jousselin, Gustave Lanier, Gerard de Charbonniere, Leon Chave, Jean Bilot, ecc.), alcuni belgi, russi, inglesi (E. Von Bevere, E. Wouters, C. Furiewiez, O. Heyroth Wagner), ecc.
Gli ultimi decenni del secolo scorso sono stati ricchi di entusiasmo e, dal punto di vista dell'attività culturale, piuttosto vivi. Si pensi per esempio alla grande "avventura" della ricostruzione del Palazzo del Governo, al riordinamento della biblioteca e soprattutto dell' Archivio governativo, alla stampa de Dizionario del Padiglione. Si pensi a tutta l'attività svolta per rafforza l'immmagine della Repubblica, anche per mezzo di elementi esteriori di notevole impegno, come la coniazione di monete e la stampa di francobolli propri.
Evidentemente gli sforzi per la formazione di un museo rientrano in quel clima, e rispondono anch'essi all'esigenza di creare un'immagine di Stato veramente "autonomo" ed altamente civile.
Ma il materiale a cui accennava, se pur dimostrava 1'amicizia e la considerazione per la Repubblica dei notabili di tutta l'Europa non riusciva a comporsi in nessun modo, cioè né come "nucleo" storico, né artistico, né etnografico, e per anni ingombrò i locali della biblioteca, la cui situazione divenne difficile quando, nel 1871, vi fu collocato anche il museo o "Gabinetto di storia naturale" donato dal signor Pasquale Greco di Lecce. Si tenga presente che, nello stesso stabile, avevano sede anche gli Uffici d'Ipoteca, Bollo, Registro, Catasto, e che alcuni locali erano riservati alla Milizia cittadina ed alla Guardia nobile.
Nel 1881 tutto il palazzo venne restaurato, anche in previsione di dover ospitare il Consiglio e l'Archivio durante i lavori di ricostruzione del Palazzo del Governo (iniziati nel 1884): un'ospitalità pesante, questa, che arrecò ulteriore confusione e disagio, ma che costituí un'occasione preziosa per incrementare il museo con opere legate alla storia locale. Infatti vi rimasero quasi tutti gli antichi arredi e dipinti che non trovarono una sistemazione nel nuovo edificio, inaugurato nel 1894.
Dal 1894, appunto, Marino Fattori e Federico Gozi lavorarono alacremente per dare un nuovo assetto alla biblioteca e al museo, che nel frattempo avevano ricevuto altri doni importanti. Chiesero ed ottennero consulenze di illustri studiosi (ai professori Schiapparelli, Brizio, Tonini), traslocarono tutto in locali
piú idonei, cercarono di dividere in classi gli oggetti e di dare un ordine almeno "estetico" al materiale, incrementarono le raccolte numismatiche; tentarono anche di smistare qualcosa al "Gabinetto di fisica".
Nel 1899 finalmente il museo poteva essere inaugurato: offriva all'ammirazione del pubblico una sessantina di dipinti, compresi fra il XV e il XIX secolo; una buona raccolta di medaglie (circa 500) e di monete (di ben 195 zecche); 164 reperti egiziani molti vasi greci e romani ; un imprecisabile numero di oggetti medievali e moderni; qualche testimonianza dell'età del bronzo e del ferro proveniente dal territorio della Repubblica; le "reliquie" di Garibaldi e della sua legione; ritratti di personaggi illustri e poi armi, carte geografiche, francobolli, decorazioni nobiliari, monete recenti.
Anche negli anni seguenti il museo fu incrementato da doni e lasciti piú o meno consistenti, ma con un ritmo assai piú lento: sculture e dipinti moderni, ancora monete e medaglie (le prime furono classificate nel 1902 da Bartolomeo Manzoni-Borghesi), un nucleo di oggetti provenienti dall'Africa (dono del sammarinese Marino Montanari, capitano nel Congo Belga dal 1905 al 1908); oggetti e dipinti antichi di grande interesse per la storia di San Marino (del conte Luigi di Montalbo), reperti archeologici provenienti dal territorio o dalle vicinanze (da Verucchio, donati dal canonico Pietro Rastelli; da San Giovanni in Galilea, donati dal sacerdote don Eugenio Berardi). Per gli studi di archeologia del territorio proprio in quegli anni si cominciò a mostrare notevole interesse, soprattutto da parte di Onofrio Fattori, tanto che furono promossi sopralluoghi e modesti scavi, acquisendo materiale prezioso.
Nel Libro d'oro della Repubblica di San Marino compilato dal marchese De Liveri di Valdausa (1914) compaiono diverse nitide fotografie raffiguranti l'interno del Museo governativo: si tratta di testimonianze molto eloquenti sulla sua composizione e sulla sua disposizione . Quelle immagini ci fanno oggi uno strano effetto per l'eterogeneità degli oggetti, la loro mescolanza ed anzi il disordine con cui sono disposti. Ma quasi tutti i piccoli musei europei che si erano formati o si andavano formando in quegli anni avevano, chi piú chi meno, quell'aspetto diciamo cosí pittoresco, e lo conservarono anzi per molto tempo: alcuni fino alle ristrutturazioni degli anni Venti, di stile eclettico, altri fino agli ordinamenti un po' piú sobri negli anni Quaranta, altri ancora fino alle stravolgenti distruzioni dell' ultima guerra.
Nello stesso Libro d'oro sono contenute alcune riflessioni dei conservatori del Museo governativo, Federico Gozi e Onofrio Fattori, di un certo interesse: da esse si rileva il carattere assolutamente artificiale del museo, il predominante interesse per le raccolte numismatiche e la coscienza della necessità di incrementarlo con materiale locale, soprattutto con materiale archeologico che permettesse di far luce sulla storia antica e sulla preistoria del territorio. Ancora doveva essere forte il rammarico per la vendita delle duemila e seicento monete romane trovate a Domagnano, e ancor pii per quella dei reperti "barbarici" di Domagnano, cioè il tesoro ostrogoto composto da centinaia di oggetti d'oro - fibule, orecchini, collane - disperso sul mercato antiquario europeo nell'ultimo
decennio dell'Ottocento ed approdato, in gran parte, al Museo Nazionale Germanico di Norimberga (l'unico pezzo rimasto, una bella borchia d'oro, fu. acquistata dal museo di San Marino nel 1920). E per la vendita (o dono?) al prof. G. Capellini di Bologna dei resti fossili dell'Aulocetus affiorati nel 1897 in una cava di pietra.
Questi fatti, senza dubbio gravissimi, dovettero sollecitare pii di un ripensamento sui problemi della conservazione in loco e dell'acquisizione allo Stato del patrimonio artistico, archeologico, paleontologico. Ma una legge specifica fu emanata solo il 10 giugno 1919: riguarda la "tutela e conservazione dei monumenti, dei musei, degli scavi e degli oggetti di antichità ed arte", ed è quella tuttora vigente.
Scriveva dunque Onofrio Fattori nel Libro d'Oro: "Quelle famiglie che ancora si trovassero in possesso di antichi oggetti che ricordino le passate glorie, i costumi e le usanze dei primi tempi della nostra esistenza, seguano il nobile esempio dato da vari possidenti ed egregi Cittadini, i quali, a maggior sicurezza di lunga conservazione, nel 1885 depositarono nell'Archivio [...], gli antichi autentici documenti che avevano nelle loro case [...]. Si pensi che, nonostante le solerti cure di chi pazientemente attende a queste raccolte, delle quali pur troppo vi ha ancora chi scetticamente si rida, col poco che finora possediamo siamo ben lungi dall'avere un Museo quale a noi si converrebbe per l'importanza dei recenti studi archeologici, e che in tutti deve essere unico il pensiero di dar opera, in ogni tempo e in ogni occasione, all'incremento di questo Istituto, il quale sarà di utilità somma alla gioventù studiosa e di lustro e decoro al nostro diletto Paese".
Il nobile appello non ebbe l'esito sperato, e dopo il 1915 i donatori cessarono, o comunque diminuirono di molto; così per molti anni il museo convisse quietamente - e in solitudine, potremmo dire, per il numero estremamente esiguo di visitatori - con la biblioteca, arricchendosi appena di qualche reperto archeologico ricuperato direttamente dal conservatore Fattori, o acquistato. Ospitò la collezione di francobolli e monete sammarinesi, ma cedette qualche cimelio al nuovo "Museo musicale" istituito nel 1934 nella Torretta del Palazzo delle Milizie. Proprio in quegli anni,l'ingegner Gino Zani sistemava le sale superiori del Palazzo Valloni e ne meditava un generale riassetto.
Lo Zani avanzò ufficialmente nel 1937 una proposta di trasformazione del museo, concordata con la direzione della biblioteca; nella premessa egli sottolineava la confusione del museo, troppo simile ad "una specie di magazzino dove per mancanza di spazio sono accatastati alla rinfusa cimeli ed opere di rilevante valore". Come prima cosa sosteneva la necessità di sgomberare dal palazzo le abitazioni private ed
il forno della Società Unione e Mutuo Soccorso, e di riservarlo interamente alla biblioteca ed al museo. L'edificio poi avrebbe dovuto essere restaurato e ristrutturato, e nella sua parte migliore avrebbe dovuto essere sistemata la Pinacoteca: è la prima volta che si trova un accenno in documenti ufficiali alla "Pinacoteca", che si ipotizza cioè di scorporare dall'insieme delle raccolte i dipinti, a cui erano attribuite evidentemente una particolare rappresentatività ed una particolare, astratta qualità artistica. Gli ambienti avrebbero dovuto essere "ripristinati" gradualmente come se l'edificio "dovesse servire ancora per una abitazione [...]. Conviene tener presente che le collezioni ordinate in vetrine costruite in serie, le pareti coperte di quadri classificati e disposti secondo monotoni criteri di scuola, di età e di provenienza, danno un'impressione di sazietà, di stanchezza, di noia, cosicché si finisce per restare indifferenti anche davanti ai capolavori [...]. Il Palazzo Valloni invece dovrebbe essere sistemato con i criteri con cui un proprietario amatore d?arte e collezionista potrebbe ornare la propria dimora?
La proposta dello Zani fu accolta e pian piano il palazzo fu sgomberato, restaurato, ripristinato, arredato. La pinacoteca fece cosí bella mostra di sé al primo piano, insieme alle raccolte numismatiche ed archeologiche ed ai cimeli garibaldini. Al piano di sotto era sistemata la biblioteca, certo sacrificata, ma tanto meno appariscente ed apprezzata dai turisti, che sempre piú insistentemente si affacciavano - grazie anche alla ferrovia elettrica (19281932) - sulla vetta del Titano. Al piano di sopra, con alcuni locali per i Reggenti, furono allestiti un museo filatelico ed una "mostra retrospettiva" di San Marino, con reperti e opere importantissimi per la storia locale, accompagnati e integrati da riproduzioni di documenti.
Possiede materiali storici e artistici (quasi 5000 pezzi) alcuni provenienti da San Marino e pertinenti alla sua storia, e altri di diversa origine, dovuti ad acquisti, oltre che ai donativi fatti allo Stato dal 1865 ad oggi.